變種人的領袖X教授主張對人要寬容,萬磁王相信適者生存的理論兩人的想法南轅北轍,將整個變種人的世界推進到最緊的狀態,戰爭已經一觸即發。經過幾番周折和驚心動魄的戰爭之後,最終金剛狼還是將「鳳凰女」忍痛殺掉,以結束災難。但是,面對大惡人「萬磁王」的陰謀和「鳳凰女」可怕的超級力量,新老X戰警們還是吃盡了不少的苦頭。